Quand vous déclarez votre custom taxonomie dans votre custom post type, par défaut, celle-ci ne s’affichera pas dans la colonne de droite.
Pour ce faire, il faut mettre à true le show_in_rest pour le custom post type ET pour la custom taxonomie :
register_post_type('my_document', array(
[...]
'show_in_rest' => true,
[...]
));
register_taxonomy('my_category',array('my_cpt'), array(
[...]
'show_in_rest' => true,
[...]
));